La explicación, más o menos sería esta:
En las nubes altas se puede producir la congelación del vapor de agua dando como resultado la formación de pequeños cristales, los cuales por su propio peso comienzan a caer. Sin embargo, al encontrarse a tanta altura, esos cristales pueden pasar por capas de aire más caliente que terminará haciendo desaparecer ese hielo. Esa precipitación de hielo en forma de neblina que se deshace o de medusa de agua, recibe el nombre de virgas.
En los cirros o altocúmulos esa precipitación puede dejar una forma circular en la que se observará la niebla de cristales de hielo que es en lo que se ha transformado la parte de nube que falta.
Ese es precisamente el caso de las nubes altas del cielo de Moscú.
Un nuevo vídeo publicado en febrero de este año y que procede de una localización indeterminada de México permite ver con gran claridad el proceso de formación de ese gran agujero.

En la zona central, donde están desapareciendo las nubes se observa claramente lo que hemos llamado virgas y que tienen la forma típica semejante a una medusa o el sistema radicular de un árbol.
La explicación echando mano de una explosión atómica no tiene ningún sentido porque no es el calor sino el frío el que ocasiona la congelación del agua que a su vez permite que precipite y deje atrás el agujero sin nubes.
Los ovnis, sinceramente, desconozco el rastro que pueden dejar.